Salut Pierre,
Sans connaître précisément les astuces de l'A6, je te dirais d'effectuer les contrôles classiques de ton circuit de charge, que tu peux trouver par exemple dans le tuto suivant :
http://www.auto-evasion.com/forums/viewtopic_239659.html
Ton régulateur peut ne pas fournir la tension nécessaire à la charge de ta batterie, c'est pourquoi il faut effectuer le contrôle de charge moteur en marche ET à différents régimes. Ce qui expliquerait que même après 100 kms de roulage, ta batterie ne soit pas chargée, car elle aura donné plus qu'elle n'aura reçu.
Ton alternateur peut aussi en être la cause, donc la tension de la courroie d'accessoires est à contrôler en premier lieu, avant de rechercher une autre cause plus grave sur l'alternateur lui-même.
J'ai vu que tu avais posé ta question sur le post suivant également, tu n'as pas trouvé de solution en appliquant les différents conseils évoqués ?
http://forums.audipassion.com/topic/133020-fuite-de-courant-vidant-la-batterie/page__p__2514042__hl__+circuit%20+de%20+charge?do=findComment&comment=2514042
Bon courage.